با توجه به اهمیت کنترل کیفیت در کسب نتایج مطلوب آزمایش ها، دپارتمان کنترل کیفیت زیرنظر پزشکان آزمایشگاه و متخصصین آسیب شناسی بالینی و به صورت مستقل ایجاد شده است. کلیه بخش های فنی آزمایشگاه مجهز به نرم افزار مستقل کنترل کیفی جهت ارزیابی عملکرد می باشند.

برنامه کنترل کیفی شامل موارد ذیل می باشد:

1. کنترل کیفی داخلی (IQC):

در این دپارتمان تمام آزمایشات و فرایندهای کاری، از نظر فنی و علمی کنترل و ارزیابی شده و با استفاده از روش ها و منحنی های تضمین کیفیت بر اساس جدیدترین متدها، صحت و دقت آنها مورد بررسی قرار می گیرد. در کنترل کیفیت داخلی بخش‌ها، بعضی از نمونه هایی که قبلا  به عنوان مجهول آزمایش شده اند، انتخاب و با مشخصات جدیدی به بخش مربوط ارائه شده و نتایج با نتایج اصلی بیمار مقایسه می گردد. تمامی تجهیزات اندازه گیری حجمی، وزنی، گرمایشی، سرمایشی و تجهیزات اتوماتیک مورد استفاده در آزمایشگاه توسط کمپانی‌های معتبر به صورت مستمر کالیبره شده و گواهی معتبر برای آن‌ها صادر می‌گردد. یخچال‌ها و فریزرهای نگهداری مواد و کیت‌های آزمایشگاهی مجهز به سیستم ثبت درجه حرارت و رطوبت سنج بوده و دیتاهای مربوط به صورت خودکار در سیستم نرم افزار مربوطه ثبت می‌گردد. در طی کلیه مراحل انجام آزمایش  نمونه برداری، انجام آزمایش‌های کنترل کیفی، تصدیق و تایید مسئولین فنی، نتایج آزمایش های بیماران با شرایط بالینی انجام و سوابق بیماران مطابقت داده شده و برحسب ضرورت و با هماهنگی پزشک معالج و بیمار، آزمایش‌ها با نمونه جدید تکرار (به صورت رایگان) و پس از اطمینان از نتایج بدست آمده، نتایج مربوطه تحویل بیمار خواهند شد.

2. کنترل کیفی خارجی (EQAP)

در راستای دستیابی به استانداردهای ملی و بین المللی کلیه بخش های فنی آزمایشگاه با همکاری آزمایشگاه مرجع سلامت وزارت بهداشت و درمان به صورت دوره ای و با نمونه های کنترلی مورد ارزیابی قرار می گیرند.

3. استقرار سیستم مدیریت کیفیت

با عنایت به سیستم مدیریت کیفیت کلیه فرایند های آزمایشگاه مستندسازی و شاخص های مربوط به صورت مستمر تحت پایش و اندازه گیری قرار دارند که خود منجر به اطمینان مناسب از عملکرد بخش های مختلف آزمایشگاه می گردد. در عین حال ارتباط مستمر واحد نظارت و ارزیابی آزمایشگاه با پزشکان محترم بالینی نقش بسیار مهمی در ارزیابی و بازنگری فنی عملکرد آزمایشگاه خواهد داشت.